1952年，王智涛担任上海防空司令部副司令一职，这一年对他来说意义重大。在这一年里，王智涛面临了多个工作选择，许多军兵种的司令员纷纷邀请他到自己的部门工作。炮兵司令陈锡联、海军司令萧劲光、装甲兵司令员许光达以及防空部队司令周士第都希望他能加入各自的团队。面对这些邀请，王智涛已经心有所属，最终决定选择继续留在防空军工作。

这一年对于王智涛来说，是极为难忘的一年。因为在三反运动中，有人把他牵扯进了一场无辜的风波，王智涛接到了前往北京接受审查的通知。虽然此时的他心情很委屈，但为了查明真相，组织需要时间调查。在这段时间里，王智涛始终保持冷静，事情最终真相大白，他也获得了应有的公正。在此期间，陈老总对他说了一番话：对于组织的审查，我们不能心存怨恨，党和国家的利益至上，个人的一些委屈根本算不了什么。相信你也不会与个别人计较。我也曾被误解、受过诬陷，但始终坚持大局为重，实事求是，这样原则的坚持，任何风浪都能挺过去。此时，有人告诉他，华东防空军司令部和上海防空司令部即将换将，让他不要再回去了。然而，不少老首长和战友仍希望他能加入自己的团队。抗战时期，王智涛曾在炮兵司令部担任过参谋长，陈锡联邀请他回炮兵工作；海军司令萧劲光也希望他能到海军负责院校工作；防空部队的周士第希望他继续留在防空领域，转做教学工作；装甲兵司令许光达则希望他去装甲兵工作。面对这四位老首长的盛情邀请，王智涛深感为难，虽然他心里已经有了决定，但仍然在向许光达请教，表达了自己的困惑。

王智涛与许光达敞开心扉地交流，许光达理解他的困境，并表示很佩服他的选择。许光达回忆起过去王智涛曾主动放弃高职，去上海防空部队担任副司令，充分体现了他对军队建设的执着与不求名利的精神。许光达还提醒王智涛，从防空部队的党政工作到空军与防空的协同作战，防空部队与空军的关系非常密切，未来两者可能会合并。许光达的话，预见性极强，事实也证明了他的判断。在1950年，为了应对蒋军的袭扰，上海成立了防空司令部，并且苏联还派遣了歼击机、雷达等设备协助作战。几个月后，华东军区空军和上海防空司令部合并，聂凤智担任司令；此后，随着聂凤智去朝鲜前线，两个单位再次分开，但不久后又重新合并，形成了新的华东防空军司令部兼上海防空司令部，郭化若担任司令，之后改为成钧。

当时，空军作为一个大军种，而防空部队还只是一个较小的兵种，两个军种的职责重叠较多。由于中苏关系的影响，我军开始效仿苏军的建制，1955年成立了防空军，并与陆、海、空军、公安军并列成为五大军种。然而，随着时间的推移，防空军与空军的职能逐渐重合。经过总参谋部的努力，1957年，五大军种合并为陆、海、空军，防空军被并入空军。王智涛在当时并没有考虑得太远，他热爱防空事业，并且认为自己做了大半辈子军事教育，未曾担任过校长，所以他决定去从事防空学校的工作。他知道许光达的分析非常有道理，但还是决定坚持自己的兴趣，选择留在防空部队。

不久后，王智涛被任命为防空学校校长，前往南昌办学。两年后，他被调任为高级防空学校校长，开始了为期六年的工作生涯。在担任防空兵学校校长期间，正如许光达所预见的那样，1957年，防空军与空军合并，成为了新的空军。1960年，王智涛被免去空军高级防空学校校长职务，虽然他心情有些郁闷，但当被调到军事科学院工作时，他的心情逐渐放松，迎来了新的工作挑战。